محافظة طوباس ويُطلق عليها أيضًا محافظة طوباس والأغوار الشمالية هي محافظة فلسطينية، مركزها مدينة طوباس. تقع شمال شرق الضفة الغربية التابعة للسلطة الفلسطينية، حيث يحاذيها نهر الأردن و الحدود الأردنية من الشرق، وكل من محافظة جنين ومحافظة نابلس من الغرب، ومحافظة أريحا من الجنوب، والخط الأخضر من الشمال. بلغ عدد سكانها في 2007 حوالي 50,267 نسمة.
تشكّل المنطقة الشمالية لغور الأردن جزءاً كبيرًا من أراضي هذه المحافظة، لذا يُطلق عليها اسم "الأغوار الشمالية". تجدر الإشارة إلى أن معظم هذه الأراضي تم الاتفاق على أن تكون ضمن فئة "ج" في اتفاق أوسلو المُوقع عام 1993 بين منظمة التحرير الفلسطينية وإسرائيل، حيث تخضع للإدارة الإسرائيلية الكاملة، كما يعاني أهالي القرى الفلسطينية التابعة لها بشكل دائم من مصادرة الأراضي والمنازل وهدمها.